Eкономското училиште во Битола е основано во учебната 1922/23 година како двогодишна Трговска школа. Во учебната 1925/26 година прераснува во четиригодишна Трговска академија. Наставата се одвивала во зградата на денешното основно училиште „Гоце Делчев” во Битола.
На 27.06.1927год. училиштето се здоби со статус на потполно средно образование и од Трговско училиште беше преименувано во Државна трговска академија. Во оваа Академија можеле да се запишуваат само ученици од градовите Битола, Охрид, Прилеп и Штип. Бројот на запишани ученици бил ограничен на 30, иако имало поголема заинтересираност. Се вршела селекција и предност имале учениците кои биле со одличен успех. Тогаш, учениците кои го завршуваа ова училиште имале висок углед во општеството поради нивната стручна подготовка и ги имале пред себе сите најповолни можности за вработување во трговијата, поштите, банките, осигурителните друштва. На некои ученици, работните места им биле резервирани уште пред завршувањето.
По германската окупација, зградата на Академијата била претворена во воена болница, инвентарот бил уништен, а од документацијата биле спасени само главните книги. Во учебната 1941/42 год. училиштето беше преименувано во Државна трговска гимназија, а наставата се одвивала по бугарски школски систем.
По ослободувањето, 1945год., Економскиот техникум, односно Економското училиште даде значаен придонес во развитокот не само на Битола, туку многу пошироко. Во овој период, во тогашната ФНРЈ имало потреба од кадар со средно економско училиште и затоа била донесена одлука да отпочнат со работа трговски гимназии во Битола и Скопје
Името „Јане Сандански“ училиштето го доби на 09.01.1945год., од кога и започна да се слави 22 април како патронен празник. Со решение бр.1427 од 11.II.1948 година на Министерството за трговија и снабдување, училиштето го менува името и од тој ден работи под следното полно име: Државен економски техникум „Јане Сандански”- Битола.
Како резултат на повеќето промени кои беа извршени во Министерството за просвета, промени претрпе и самото училиште. Во 1960/61 год. училиштето конечно го добива името Средно економско училиште од кога почна да се применува новиот систем на образование со четирите предвидени насоки: книговодствена, комерцијална, финансиска и општа. Беше воведена и задолжителна практична работа од 6 часа седмично, која се изведуваше во банките и другите организации во градот
Кон крајот на 1974 година со помош на општествената заедница, беше извршена адаптација на зградата на некогашната воена амбуланта. Со собраните финансиски средства се реши просторниот проблем и се создадоа услови за успешно одвивање на наставно – образовниот процес.
Истата година беа воведени две, односно, три програмски содржини во првите две години кои го определуваат профилот на училиштето. Во учебната 1982/83 год. според Законот за средно образование се воведе степенест систем на насочено образование, така што се усвоени заеднички воспитнообразовни основи за I и II година. Во тој период училиштето имаше економско – комерцијална и правно – биротехничка струка.
Во 2011/12 година е отворена спортска сала која се наоѓа во дворот на училиштето.
Во учебната 2017/18 годиина, покрај смерот економски техничар, е воведен нов смер асистент – деловен админстратор со тригодишно траење.
Во учебната 2022/23 следејќи ги новите побарувања на пазарот на трудот во Средното општинско економското училиште покрај смерот економски техничар, се воведе уште еден нов смер техничар за е – трговија и дигитален маркетинг со четиригодишно траење.
Денес, Средното општинско економското училиште „Јане Сандански“ – Битола, брои наставен кадар составен од 37 наставници, од кои 20 наставници предаваат општообразовни предмети, а 17 наставници стурчни предмети; како и директор, педагог, психолог, а девет лица го сочинуваат административно – техничкиот персонал. Во училиштето редовна настава посетуваат 527 ученици, во 19 паралелки.